Como em qualquer ONG, o órgão máximo é a Assembleia Geral. Ela é composta por todos os membros com direito a voto. Estes têm poder de decisão sobre as atividades da fundação e a eleição dos seus órgãos de gestão.
 

A FMB tem uma estrutura organizacional clara e bem definida. Para garantir uma gestão sólida e transparente e assegurar que as decisões tomadas pelos membros durante a Assembleia Geral anual, são implementadas pela Equipa Executiva, existem três órgãos sociais independentes, compostos por 14 sócios. Os membros dos órgãos sociais são voluntários e não remunerados. São eles o garante do cumprimento da missão da fundação e do respeito da visão definida nos estatutos.
 

Os Órgãos Sociais estão divididos em três órgãos independentes:
 

- Mesa da Assembleia Geral (5 membros) – Responsável por convocar a Assembleia Geral anual, conduzi-la e redigir as atas.

- Conselho Diretivo (5 membros) – Assegura que as decisões da Assembleia Geral são implementadas pelo Diretor Executivo com a sua equipa e apoia a gestão diária da organização, garantindo a sua eficácia e eficiência.

- Conselho Fiscal (4 membros) – Supervisiona as contas e verifica o cumprimento das normas legais e estatutárias.
 

A gestão operacional diária é conduzida pelo Diretor e pela sua equipa. Ele/ela garante a execução eficiente dos projetos, planos de ação e estratégias aprovados em Assembleia Geral e coordena equipas e recursos para maximizar o impacto da fundação.